Tras la destrucción de un submarino empiezan a cobrar importancia las teorías del profesor mafune, un cientifico que hace 15 años dijo que todavia existía un dinosaurio vivo en el área donde se destruyo el laberinto, asi pues se intentara localizar a mafune el cual lleva años desaparecido ya que esta planeando vengarse de la tierra aliándose con unos alienigenas que pretenden conquistar el planeta.

Cuando llega el malvado alienígena Zanon para esclavizar a la Tierra, toda esperanza parece perdida. Un joven tiene una conexión especial con la tortuga gigante Gamera. Ya ha batallado contra monstruos como Barugon, Gyaos, Viras, Guiron, Jiger, Zigra, y en esta batalla final Gamera deberá sacrificarse para destruir la nave espacial pirata y matar a Zanon.